Cheo cheo Java hiện được phân loại "loài thiếu dữ liệu" trong sách đỏ của Liên minh bảo tồn thiên nhiên quốc tế.[1] Dữ liệu thiếu do không thuyết phục được khi tách biệt loài thuộc chi Tragulus, ngoài ra còn thiếu thông tin về loài Tragulus javanicus. Ngay cả so sánh của quan sát quá khứ cho biết số cheo cheo Java với những quan sát hiện tại rất không hỗ trợ nhiều giới nghiên cứu vì khả năng thiếu chính xác xảy ra cao trong đợt quan sát quá khứ. Mặc dù được liệt kê là "loài thiếu dữ liệu", nhiều khả năng suy giảm số lượng cheo cheo Java đang diễn ra, và khi điều tra thêm về vấn đề này, tình trạng sách đỏ của loài Tragulus javanicus có thể dễ dàng thay đổi thành "loài sắp bị đe dọa".[1] Một số hoạt động bảo tồn đã được triển khai bao gồm bảo vệ loài về mặt pháp lý, trong đó, mặc dù đã có hiệu lực kể từ năm 1931, từ lúc nạn săn bắn cheo cheo Java vẫn diễn ra, vẫn không có khác biệt đáng kể nào. Ngoài ra, vài khu vực trên đảo Java mà cheo cheo thường hay lui đến đã được bảo vệ, nhưng thực thi quy định vẫn còn khá cần thiết. Một trong những nỗ lực bảo tồn lớn nhất cần có chỉ đơn giản thêm thông tin về loài: định nghĩa đầy đủ hơn về nguyên tắc phân loại, cũng như thông tin về môi trường sống và hành vi tập tính.[1]